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 その一方で、通信を傍受するタイプのマルウェアに対しては、FTPパスワードが抜き取られるおそれが依然として残っている。これはFTPプロトコルの制限によるもので、本ソフトの更新だけで対応するには限界がある。ユーザー側も引き続き、各種アップデートパッチの確実な適用やウイルス対策ソフトの導入を怠らないといったマルウェアへの対策が必要だ。もし接続先のFTPサーバーがSSLなどに対応している場合は、SSL接続対応のFTPクライアントへ移行するなどといった対策も検討してほしい。

窓の杜 - 【NEWS】ウイルス感染したPCにおける保存パスワードの窃取問題へ対策した「FFFTP」v1.97

ここ一番重要。感染したら通信傍受されてアウトです。